L’Union Européenne ne possède pas de législation spécifique aux mammifères marins. Ses textes juridiques traitent de la protection de l’environnement par secteur, tels que les déchets, l’eau, la pêche, ou encore les habitats.
Parmi eux, la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin 2008/56/CE, dite DCSMM, intéresse indirectement la protection des mammifères marins. Elle s’assure de la protection et de la conservation du milieu marin dans l’Union, en ordonnant aux Etats membres de prendre toutes les mesures nécessaires pour réaliser ou maintenir un bon état écologique du milieu marin au plus tard en 2020. Elle définit une stratégie marine transposable dans chacun de ces Etats.
Le Règlement 812/2004, quant à lui, protège les mammifères marins et plus particulièrement les cétacés, de la capture accidentelle dans les pêcheries. Il vise à réduire le nombre de captures accidentelles de cétacés à l’aide de dispositifs acoustiques, de programmes d’observateurs à bord de bateaux, de rapports annuels et d’évaluations générales.
Enfin, la Directive 92/43/CEE concernant la conservation des habitats naturels, de la faune et de la flore sauvage, dite Directive Habitats de 1992, ordonne aux Etats membres d’instaurer un régime de protection stricte pour les espèces animales visées à l’annexe IV. Elle interdit leur capture, leur mise à mort, leur perturbation intentionnelle, leur destruction, etc. Toutes les espèces de cétacés en font partie. Les espèces figurant à l’annexe V peuvent être exploitées, à condition qu’elles soient maintenues dans un état de conservation favorable.
La Directive Habitats a aussi la particularité de mettre en place des zones spéciales de conservation (ZSC, connues sous l’appellation « sites Natura 2000 ») pour conserver les habitats naturels de certaines espèces de faune et de flore (annexe II). Le Grand Dauphin et le Marsouin commun en font partie.